根据主要职责，北京市国土资源局房山分局设8个职能科室。

　　 （一）办公室

　　 负责本机关政务工作；负责公文处理、信息、建议、议案、提案和信访、档案、保密、外事、接待联络工作；负责重要文稿的起草和重要会议的组织工作，以及重要文件和会议决定事项的督查工作；负责机关及所属单位的人事、党群工作；负责机关后勤保障和安全保卫等行政管理工作。

　　 （二）综合科

　　 负责本机关国土资源管理业务的综合协调工作；按管理权限，负责受理本行政区域内国土资源管理方面的行政许可申请，核发各项行政许可证书；负责国土资源方面的科技、信息化建设管理工作，负责有关国土资源管理业务信息的统计、分析、上报工作。负责编制、修订本区、镇土地利用总体规划，组织编制基本农田保护、土地开发（整理、复垦）等专项规划。

　　 （三）地籍科

　　 负责本行政区域内地籍管理工作，组织土地调查、土地登记、土地统计、土地动态监测、地籍档案管理等工作；负责土地权属管理工作，依法调处土地权属纠纷。

　　 （四）耕保征地科

　　 按照管理权限，负责实施本行政区域内土地用途管制，编制基本农田保护、土地开发（整理、复垦）等专项规划，负责耕地保护、集体土地管理方面的行政许可事项的审查工作；组织落实土地开发（整理、复垦）专项规划和占用耕地建设项目的占补平衡措施；负责农用地转用、农村集体土地征用的初审、上报及临时用地的审批工作；负责土地征用安置补偿的监督管理，调处土地征用安置补偿争议；负责农业结构调整用地的管理。

　　 （五）土地利用科

　　 按照管理权限，负责本行政区域内国有土地管理、建设用地管理等方面的行政许可事项的审查工作，组织实施北京市土地出让计划、收购储备计划、土地一级开发计划中涉及本区的计划；负责经济适用住房、房改房上市土地出让金的核定、收缴工作；负责本级土地市场的监督管理。

　　 （六）地质矿产科

　　 按照管理权限，负责本行政区域内矿产资源的监督管理，组织矿产资源储量评审、备案、登记、统计等工作，负责矿产资源有关费用征收、使用的管理；负责地质勘查活动、地质灾害防治、矿山地质环境恢复等方面的监督管理；承担市国土局交办的地热资源调查、评估工作；负责地下水环境监测站、网的管理；负责编制矿产资源开发、利用和保护规划。

　　 （七）财务科

　　 负责本机关及所属单位财务和固定资产管理工作，健全财务会计管理制度；负责日常会计核算、行政事业性收费项目、资源性收费项目的管理工作。

　　 （八）执法监察科

　　 按照管理权限，负责本行政区域内国土资源方面的执法监督工作，依法查处有关违法案件，受理有关投诉和举报；负责国土资源管理法律、法规宣传工作；协助市国土局负责行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼的应诉代理工作。